La FUNEPE se organiza de manera dinámica y flexible, privilegiando las oportunidades de participación frente a los esquemas burocráticos. Así, sus equipos se organizan en función de los proyectos incluidos en su Plan Estratégico.
Cuenta con Equipos Sustantivos (de Estudios) donde se llevan adelante proyectos y propuestas en los temas afines mencionados, estando a cargo de un responsable especialista en la materia y Equipos Ejecutivos, integrados por profesionales e idóneos en Comunicación, Logística, Institucionales y Legales.